קצין אג"ם (קצין אגף מבצעים) אחראי על תיאום הפעולות בין המנהלה, המטה המקצועי ותומחי הסיוע, כולל מערכות תקשורת, כוחות אוויר, ים ויבשה. משימותיו של קצין אג"ם כוללות קבלת משימה מבצעית מהמפקד, הכנת פקודות פעולה ופיקוח על ביצוע הפעולות, ווידוא שכל הדרוש לביצוע המשימות מוכן, גיבוש תורות לחימה, תכנון ארוך טווח של בניית הכח המבצעי והכשרתו בתוכניות אימונים שונות, ועוד.